Es la sede administrativa de la Universidad y se encuentra ubicada en Concepción del Uruguay.
Dirección postal: Eva Perón 24. Código postal: 3260. Teléfono: 03442 - 421500.
En vista al desarrollo territorial de la UNER en Entre Ríos -con sedes permanentes en las cinco ciudades más importantes de la Provincia y extensiones áulicas en otras localidades- el Rectorado cuenta con dependencias que funcionan como apoyo a su actividad.
Además de la sede principal antes mencionada, en Concepción del Uruguay se encuentra el Anexo del Rectorado, donde llevan adelante sus tareas la Dirección General de Vinculación Tecnológica, el Área de Comunicación Institucional, el Canal UNER (estudio de la TV), la Radio 91.3, el Instituto Compensador de la UNER y la imprenta.
Dirección Postal: 8 de Junio 600. Teléfono: 03442 - 421500.
En Paraná, la Casa de la Universidad atiende los asuntos comunes de las facultades con sede en esa ciudad y el desarrollo de otras actividades de la institución.
Dirección postal: Córdoba 475. Código postal: 3100. Teléfono: 0343 - 4321100.
Y en Villaguay se ubica la Sala de Reuniones del Consejo Superior, espacio edilicio en el que sesiona regularmente dicho órgano de gobierno, entre otras acciones.
Dirección postal: Boulevard Savio y Belgrano. Código postal: 3240.
